本联盟管理机构由联盟领导小组办公室和联盟理事会组成，下设联盟秘书处和数据中心。  

　　领导小组办公室组成与职责：领导小组办公室设在中国科学院科技促进发展局资源环境处，由中国科学院、国家林业局、农业部、教育部主管野外站的相关人员组成。主要职责：作为本联盟的领导机构，监督和指导本联盟工作，负责部门之间的协调，促进本联盟相关计划的落实。

　　联盟理事会组成与职责：联盟理事会是联盟的决策机构，由各联盟成员站站长或长期从事荒漠、草地、喀斯特野外站工作的知名专家组成。理事会设盟长1-2人，盟长人选由中国科学院、国家林业局、农业部和教育部协商推荐。理事会的主要职责包括：

　　（一）制定联盟重大发展战略。

　　（二）组织重大联网研究项目。

　　（三）审议重要活动计划。

　　（四）审议决定联盟成员的加入与退出。

　　（五）领导本联盟成员开展工作。

　　联盟秘书处的组成与职责：联盟秘书处设在中国科学院植物研究所，设秘书长1人。联盟秘书处的主要职责是在理事会领导下处理日常事务，负责筹备重大活动和会议，联盟宣传与对外联络，完成联盟领导小组办公室和盟长交办的各项工作。

　　联盟数据中心组成与职责：联盟数据中心依托中国生态系统研究网络（CERN） 生物分中心，负责组织联盟监测指标体系与数据规范的制定、数据汇交与质量控制，构建与维护数据共享平台，提供数据共享服务等。 

　　荒漠-草地站联盟组织结构示意图